福建省农业农村厅的前身是1949年8月成立的福建省人民政府实业厅。1950年10月改设福建省人民政府工业厅和福建省人民政府农林厅。1953年3月福建省人民政府农林厅改设福建省人民政府农业厅和福建省人民政府林业厅。1955年3月福建省人民政府农业厅改称福建省农业厅。文化大革命期间,于1968年11月启用中国人民解放军福建省农业厅军事代表印章,原厅及其各处、室、局、站、公司的公章停止使用。1969年12月成立福建省革命委员会生产指挥部农业局,局设领导小组,根据工作性质下设政工组6898989、综合组、生产组、后勤组等四个组。1971年1月成立中国共产党福建省革命委员会农业局核心小组。1975年10月改称福建省农业局。1977年10月启用中共福建省农业局党组印章。1980年7月更改为福建省农业厅和中共福建省农业厅党组。经过数轮的机构改革,2000年8月,中共福建省委办公厅和省人民政府办公厅下文核定福建省农业厅为主管农业(含种植业、畜牧业、农垦、乡镇企业、农业机械化)和有关农村工作的省政府组成部门。 2004年5月,根据福建省委、省政府关于省政府机构改革的实施意见(闽委[2004]8号),省农业厅承担的指导乡镇企业管理的职能划入省经济贸易委员会,同时,挂在省农业厅的省乡镇企业局牌子改挂在省经济贸易委员会。2014年2月,经省委、省政府批准,省农业厅与中共福建省委农村工作领导小组办公室实行一个机构、两块牌子。2018年9月,经省委批准,设立中共福建省农业农村厅党组,同年10月,组建福建省农业农村厅,省委农村工作领导小组办公室设在省农业农村厅,加挂省扶贫开发领导小组办公室、省委实施乡村振兴战略领导小组办公室牌子,不再保留福建省农业厅。2021年5月,省扶贫开发领导小组办公室更名为省乡村振兴局,仍在省农业农村厅挂牌。省农业农村厅不再加挂省委实施乡村振兴战略领导小组办公室牌子。